إدارة تـخـطـيـط الـنـقـل البـحـري، وتختص بالمهام التالية:

• وضع السياسـة الـعـامـة لتخطيط أعمـال النـقـل البـحـري في ضـوء السياسات الـعـامـة للـدولـة.
• وضـع القـواعـد والقرارات المنظمـة لأعمال وخـدمـات النـقـل البـحـري.
• إعـداد الدراسات اللازمـة في مجـال خـطـوط النـقـل البـحـري وتـطـويـرهـا، بالتنسيق مع الجهات المختصة.
• إجراء الدراسات اللازمة لتـطـويـر وتـنـمـيـة الأسـطـول القـطـري بـهـدف رفع مـقـدرتـه على المنـافـسـة.
• اقـتـراح مشـروعـات القـوانـين واللوائح والقرارات والـقـواعـد المنظمـة لأنشـطـة النـقـل البـحـري.
• اقتراح رسـوم أداء خـدمـات وأنشـطة أعـمـال النـقـل البـحـري.
• التـحـقـق مـن التـزام الشركات الـتـي تـمـارس الأنشطة البحـريـة والوحـدات الإداريـة المختصـة بمعـايـيـر وشـروط وضوابـط الجـودة الـعـامـة للأداء.
• تنفيـذ متطلبـات الجـودة البحـريــة الصـادرة عـن المنظمـة الدوليـة للمعاييـر.
• إعداد الدراسات المتعلقة بمشـاريـع شـؤون النـقـل البـحـري، والإشـراف والـرقـابـة علـى تـنـفـيـذهـا، وصيانتـها، بالتنسيـق مـع الـوحـدات الإداريـة المعنيـة.
• إعداد الدراسات الفنيـة لمذكرات التعاون في مجـال التـدريب البحري.
• اقـتـراح البـرامـج التـدريبيـة وورش العـمـل البـحـريـة.
• إعـداد كتيبـات للتـوعـيـة بالـسـلامـة وبالبيئـة البـحـريـة، بالتنسيـق مع الجهات المعنيـة.

إدارة تراخيص النـقـل البـحـري، وتختص بالمهام التالية:

• تنفيذ أحكام القوانين واللوائح والقرارات المنظمة لأنشـطـة وخـدمـات النـقـل البـحـري.
• إعـداد الدراسات اللازمـة لتحـديـد مـتـطـلـبـات إصـدار التراخيـص المتعلقة بأنشـطـة وخـدمـات النـقـل البحري، والتـعـديـل عـلـيـها.
• تـلـقـي طلبـات التـرخـيـص بمزاولـة أنشـطـة وخـدمـات النـقـل البحري، ودراسـتـهـا، وإصـدارها.
• تلقي طلبات الترخيص للسـفـن بمزاولـة الأعـمـال البحـريـة في الميـاه القـطـريـة، ودراستها، وإصـدارها.
• التفتيش على الشركات التي تزاول أنشـطـة وخـدمـات النـقـل البـحـري، والتـأكـد مـن مـطـابـقـتـها لاشـتـراطـات الحـصـول على الترخيـص.
• إنـشـاء سـجـل تـصـنـيـف الشـركـات الـتـي تـزاول أنشـطـة وخـدمـات النـقـل البـحـري.
• دراسة الشكاوى المتعلقة بأعـمـال المـوانئ والشركات المرخص لها، وإبـداء المقـتـرحـات بـشـأنـها.
• إجـراء الـزيـارات الميـدانـيـة للتـأكـد مـن التـزام الشركات بتـوصـيـات التـحـقـيـق.

إدارة التسـجـيـل وشـؤون البـحـارة، وتختص بالمهام التالية:

• تنفيـذ أحـكـام القـوانـين واللوائح والاتـفـاقـيـات البـحـريـة الـدوليـة المنظمة للتسجيـل وشـؤون البـحـارة.
• تسـجيـل وشـطـب الـسـفـن، وإصـدار الشـهـادات لـها، وفـق أحـكام الاتفاقيات البحـريـة الـدوليـة السـاريـة.
• جـمـع وتصنيـف وتحـلـيـل وتـعـديـل بـيـانـات سـجـلات شـهـادات السـفـن المسـجـلـة تحـت العـلم القـطـري.
• إنشـاء سـجـلات للتسـجيـل والشـطـب والـرهـن والحـجـز، واقـتـراح إجراء التـعـديـلات عـلـيـها.
• تسجيـل وتجـديـد وشـطـب الـوسـائـط البـحـريـة والسـفـن الخشبية، وإصـدار الشهادات لهم، ومعاينتـهـم للتـأكـد مـن اسـتـيـفـائـهم لمتطلبـات القوانين والقرارات المعتمدة.
• إصدار وتجديد رخص قـيـادة الـوسـائـط البـحـريـة.
• تـلـقـي ودراسـة طلبـات التـرخـيـص بإنشـاء مـعـاهـد ومـراكـز تـدريـب قـيـادة الـوسـائـط البـحـريـة، وإصـدارهـا.
• إصـدار شـهـادات الأهـليـة للبـحـارة.
• اعتمـاد شـهـادات الأهـليـة للعاملين على السـفـن القـطـريـة.
• الـتـصـديـق عـلى عـقـد الـعـمـل البـحـري.
• اعـتـمـاد شـهـادات تـدريـب وتـأهـيـل البـحـارة، وفقاً لأحكام الاتـفـاقيـة الدوليـة لمستـويـات التـدريب والتأهيـل والـنـوبـات للـعـامـلين بالبـحـر وتعديلاتها.
• التـحـقـق مـن اسـتيـفـاء مـراكـز تـدريـب وتأهيـل البـحـارة لأحكام الاتـفـاقيـة الدولية لمسـتـويـات التـدريب والتأهيـل والـنـوبـات للعـامـلين بالبـحـر وتـعـديـلاتـها.
• إصدار وتجـديـد الجـواز البـحـري، ووثـائـق البـحـارة، وفقاً للـقـوانـين الوطنيـة والاتـفـاقـيـات البـحـريـة الـدوليـة.
• تفتيش ومـعـايـنـة الـسـفـن التـي تحـمـل العـلم القـطـري، وفقاً للقـوانـين الوطنيـة والاتـفـاقـيـات البـحـريــة الـدوليـة.
• إلغاء شهـادة الترخيص الملاحي للسـفـن الـوطـنـيـة المـخـالـفـة لأحـكام الاتـفـاقيـات البـحـريـة الـدوليـة.
• اعـتـمـاد هيئات التصنيف البـحـريـة، والـرقـابـة عـلى أدائـها.
• التـحـقـق مـن التـزام الشركات الوطنيـة المـالـكـة للسـفـن بالقـوانـين الوطنيـة والاتـفـاقـيـات البـحـريـة الـدوليـة.

إدارة النظم والتـحـقـيـقـات البـحـريـة، وتختص بالمهام التالية:

• اقـتـراح مشـروعـات القـوانـين والقرارات واللوائح والـقـواعـد المنظمـة لشـؤون الـنـقـل البحري وفقاً للاتـفـاقـيـات البـحـريـة الـدوليـة.
• إعداد الدراسات الفـنـيـة لمشـاريـع اتـفـاقـيـات النـقـل البحري الثنائيـة.
• إعداد الدراسات الفـنـيـة اللازمة للانضمام إلى الاتفـاقـيـات البـحـريـة الدوليـة السـاريـة، أو التـعـديـل عـلـيـهـا، أو الانسحاب منها.
• إعداد الدراسات الفـنـيـة اللازمة لتـحـديـد مـا تـسـتـلـزمـه شـؤون الـنـقـل البحري، تنفيذاً للصكوك البـحـريـة، وإجراء التعـديـل عـلـيـها.
• اقـتـراح التعـامـيـم البـحـريـة الخـاصـة بـسـلامـة السـفـن والمـلاحـة بالميـاه القـطـريـة.
• مـتـابـعـة مـا يـصـدر عـن المنظمـة البحـريـة الدوليـة مـن قـرارات وتعـامـيـم ورفعها إلى الوحدات الإدارية المخـتـصـة والجـهـات المعـنـيـة والـشـركـات.
• التحقيق في الحوادث البحرية التي تقع للسـفـن والـوسـائـط البـحـريـة في المياه القـطـريـة، والسـفـن القـطـريـة فـي الخـارج، ورفـع الـتـقـاريـر بشأنها، وفقاً لمـدونـة التـحـقـيـق في الحوادث البـحـريـة.
• إجراء تحـقـيـق عـن مـخـالـفـات حاملي الشهادات أو الشهادات المصادق عليـهـا مـن الدولة، وفقاً لمدونة تنفيذ الصكوك.
• التحقيـق في الحـوادث ذات الـعـلاقـة بالبضائع والسـفــن بمـــوانئ الـدولـة، ورفـع الـتـقـاريـر بـشـأنـها.
• تـلـقـي تـقـاريـر الصكوك الإلزاميـة والبيـانـات مـن الإدارات المختصة والجهات المعنيـة والشركات بالـدولـة، ورفعها بالمـوقـع الإلكتـروني للمنظمـة البحـريـة الـدوليـة.

إدارة الـسـلامـة البـحـريـة، وتختص بالمهام التالية:

• تنفيـذ أحـكـام القـوانـين والقرارات والاتفـاقيـات البحـريـة الدوليـة المتعلقة بالـسـلامـة البـحـريـة.
• إعداد الدراسات المتعلقـة بأعـداد وأمـاكـن المـسـاعــدات المـلاحـيـة بالمياه القـطـريـة، وتطـويـرهـا.
• تفتيش ومعـاينـة السـفـن الأجنبيـة بالمياه القطـريـة، وفقاً للتشريعـات المحـلـيـة والاتفاقيات البحـريـة الـدوليـة، ومـذكـرات التـفـاهم المصـادق عليـها.
• حـجـز السـفـن الأجنبيـة التي تشكل خـطـورة على الملاحـة البحـريـة والمخالفة لأحكام الاتفاقيات البحـريـة الـدوليـة السـاريـة، بالتنسيـق مع الجهات المعنيـة.
• اعـتـمـاد الـلـوائـح الميـنـائـيـة، والـرقـابـة علـى تـطـبـيـقـها.
• اعتـمـاد الخطط الأمنيـة وخـطـط الاستـجـابـة للطوارئ ومنـاولـة وتخـزيـن البضائع الخـطـرة، لموانئ الدولـة وفقاً للـمـدونـات البـحـريـة الـدوليـة، والـرقـابـة عـلى تطبيـقـها.
• الـرقـابـة علـى مـرافـق اسـتـقبـال الموانئ بالتنسيق مع الجهات المعنية.
• اعـتـمـاد شـهـادات المـرشـديـن البـحـريـين بالموانئ.
• الـرقـابـة والإشراف عـلـى التـزام مـوانئ الـدولـة بتنفيـذ أحـكـام الاتفاقيـات البـحـريـة الـدوليـة.
• الإشـراف والـرقـابـة علـى نـظـام حـركـة المـلاحـة البحـريـة، واعتـمـاد شـهـادات الـعـامـلين بـها.
• اعـتـمـاد وتنفيـذ الممـرات البحـريـة ونـظام تقـسـيـم حـركـة المـرور، لتنـظـيـم مـرور الـسـفـن والـوسـائـط البـحـريـة بالمياه القـطـريـة.
• تسـجـيـل المسـاعـدات المـلاحـيـة وفـق أحـكـام التـشـريـعـات السـاريـة والاتـفـاقـيـات البـحـريـة الـدوليـة.
• إنشـاء سـجـلات لتسـجيـل وشـطـب المسـاعـدات المـلاحـيـة، واقتـراح إجـراء التـعـديـلات عـلـيـها.
• الإشراف والـرقـابـة على أنظمـة الـتـعـرف وتـتبـع الـسـفـن عـن بـعـد، وأنـظـمـة الـتـعـرف الآلي على السـفـن.
  إصـدار شـهـادات إعـلان مـلاحـي.